研究室で使っているソフトウェアやデータベース等のメモです。

画像データの処理と可視化

Irfan View: 画像や動画の表示とフォーマット等の簡易な編集に。
Fiji (ImageJ): 簡単な画像処理に。
Basics of Image Processing and Analysis: Fiji(Image J)の解説書（英語）。基礎から丁寧に解説していてとても分かりやすい。ここからPDF版をダウンロードできる。
Imaris Viewer: 3D画像の可視化に。無料版なので機能に制限はあるが高性能。
OpenCV: FIji(ImageJ)で難しい処理は自作のプログラミングで。

AFMデータの解析と可視化

JPK SPM Data Processing: JPKのAFMに付属するソフトウェア。
Gwiddion: AFMデータ解析用のフリーウェア。

その他のデータの処理と可視化

R/RStudio: 数値データの簡単な統計処理や可視化、グラフの作成に。
Paraview: 2D/3Dの幾何データの可視化に。

3D CAD

Autodesk Fusion 365: 高度な3D CADソフト。教員や学生は無料で利用できる。

プラスミド設計

SnapGene:
Ape:

ネットワーク接続

WinSCP: ssh接続データ転送ソフト
TeraTerm: ssh接続コンソールソフト

論文に記載する図や動画の作製

Adobe Illustrator:
Adobe Photoshop:
Adobe Bridge:
Adobe Premiere:
Inkscape: ベクター画像を編集できるフリーウェア。Adobe Illustratorの代わりに。
GIMP: 写真の編集ができるフリーウェア。Adobe Photoshopの代わりに。
TexClip: Tex形式で入力した数式をpngやepsで出力するオンラインサービス。
BioRender: 生命科学関連のイラストをブラウザ上で描画・出力できるオンラインサービス。

英文の執筆

DeepL: 高度な翻訳サービス。
Grammerly: 高度な文法チェックサービス。
ライフサイエンスコーパス: 英語の共起検索サービス。

日常用途

サクラエディタ
秀丸エディタ
Good Notes: iPad用のノートアプリ
PDF XChange Viewer
Mendeley
Texworks
Mathematica: 解析的な計算に。

ラボ運営

Slack: ラボ内のコミュニケーションに。
Stock: ラボ内の掲示板。Slackでは流れてしまう情報をストック。実験室の使い方や事務手続きの方法などにも。
Trello: ラボ内のタスクの管理に。発注や出張の手続き、提出物のやり取りにも。
Google Calender: ラボ内のスケジュールの共有に。
Google Drive: ラボ内の軽量データの共有に。
Tablet Time Recorder: iPad用勤怠管理アプリ。コアタイムはないけど。
YAMAHA RTX830: ラボ内ネットワークの設置に。

情報発信

Twitter: ラボのニュースの発信に。
Tayo: ラボの宣伝に。
JREC-IN Portal: 研究員さんの募集に。
Indeed: パートさんの募集に。

日程調整

調整さん: 特定の候補日時から調整するときはこっち。
TONTON: 全員の空き時間から調整するときはこっち。

データベース

Gene Expression
Allen Brain Atlas
researchmap
KAKENHI
助成財団センター